동국대학교 화공생물공학과에서는 본교 및 공과대학의 교육목적을 바탕으로 하여 지혜의 체득과 자비의 정신을 고양시켜 다음 세기를 능동적으로 이끌어 나갈 수 있는 미래지향적 공학 인재를 양성한다.
이를 위하여 화공생물공학 관련한 각종 산업시설을 경제적, 환경 친화적, 안전한 방법으로 설계·운용· 유지·관리하며, 화공생물공학의 기초 이론을 바탕으로 창의적 연구 및 응용능력을 발휘할 수 있으며, 도덕적 책임의식 및 협동심을 갖춘 국제수준의 화공생물공학 전문기술인을 양성한다